特定建設業の許可を持っていますが、従たる営業所で専任技術者が交替するのですが、後任者は一般建設業を担当できる資格しかありません。従たる営業所で特定を一般へ変更することはできますか？

事業者が持つ一般・特定の許可の枠を超えての変更はできません。

従たる営業所で専任技術者が交代して一般建設業しか担当できない場合は、営業所の当該業種を継続できませんので、業種を廃止することになります。