特定許可の財産要件について直前決算で資本金の項目のみ満たされていませんが、申請までに増資すればよいのでしょうか？

申請時点で確認する法人登記で増資が確認できれば要件を満たすこととなります。

法人設立直後で決算を迎えていない場合には、特定建設業の許可を受けるには設立時点の資本金が 4,000 万円以上必要となります